Subholding Pelindo Terminal Petikemas (SPTP) membatasi penumpukan peti kemas yang ada di lingkungan perusahaan menjadi maksimal 4 lapis akibat cuaca ekstrem.
Saat ini di Benoa terdapat pelabuhan ikan, terminal curah cair dan LNG (Liquified Natural Gas), marina untuk yacht, serta dermaga dan terminal untuk penumpang.
Mengantisipasi lonjakan penumpang kapal tersebut, Pelindo Regional 3 telah menyiapkan sebanyak 21 terminal penumpang untuk menyambut arus mudik Nataru 2022.